Смешать можно как угодно - здесь это не имеет значения, лишь бы получилась более-менее однородная смесь.

Процесс, который происходит в это время, называется брожением - окислением углеводов. Таким же способом готовится, например, ржаная закваска. Подробно о брожении можно почитать тут.

Хранить в холодильнике дней 5-6.

По поводу добавок - думаю, что лучше добавлять их к готовому йогурту.